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首頁(yè) 全所PI名錄
  • 劉珈泉
  • 研究員,研究組長(zhǎng),博士生導(dǎo)師
  • E-mail: liujiaquan@sibcb.ac.cn
  • 實(shí)驗(yàn)室主頁(yè): https://www.sibcb.ac.cn/liujiaquan-lab/index.html
    個(gè)人簡(jiǎn)介:
  •   2007年畢業(yè)于武漢大學(xué)生命科學(xué)與技術(shù)基地班,獲理學(xué)學(xué)士學(xué)位。2012年畢業(yè)于武漢大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院生物化學(xué)與分子生物學(xué)專業(yè),獲理學(xué)博士學(xué)位。2012年至2019年在美國(guó)俄亥俄州立大學(xué)從事生物化學(xué)、生物物理方向的博士后研究。2019年8月加入中科院生物化學(xué)與細(xì)胞生物學(xué)研究所,任研究員、研究組長(zhǎng)、博士生導(dǎo)師。

    社會(huì)任職:
    研究方向:
  • DNA損傷修復(fù);RNA代謝;單分子熒光成像
    研究工作:
  •   研究方向:①如何準(zhǔn)確修復(fù)DNA損傷并維持基因組穩(wěn)定,對(duì)于細(xì)胞存活、防止癌變起著至關(guān)重要的作用。因而,與此相關(guān)的分子機(jī)制研究是DNA修復(fù)生物學(xué)的核心內(nèi)容,對(duì)腫瘤診治、延緩衰老、抗腫瘤藥物的設(shè)計(jì)具有重要的理論指導(dǎo)意義。本課題組針對(duì)DNA損傷修復(fù)、核小體DNA修復(fù)和復(fù)制等生命活動(dòng)中的關(guān)鍵科學(xué)問題開展深入系統(tǒng)的研究,觀測(cè)蛋白質(zhì)及其復(fù)合物在以上過程中的裝配規(guī)律、構(gòu)象變化和相互作用,解析這些重要生命過程的分子機(jī)制。②許多RNA結(jié)合蛋白參與了大量RNA代謝過程,包括 RNA的剪接、轉(zhuǎn)錄、轉(zhuǎn)運(yùn)、翻譯、降解等,與動(dòng)物生殖、癌癥發(fā)生以及病原微生物致病密切相關(guān),雖然部分相關(guān)蛋白的結(jié)構(gòu)已經(jīng)得到解析,許多關(guān)鍵的核心問題卻依然未有答案。本課題組致力于建立RNA單分子示蹤檢測(cè)系統(tǒng),通過觀測(cè)蛋白質(zhì)-RNA、蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用,解決RNA代謝、非編碼RNA研究中的疑難問題。

      研究理論:能量驅(qū)動(dòng)(“Power Stroke”)的概念,幾乎出現(xiàn)在每一本生命科學(xué)的教科書中,其中許多蛋白質(zhì)分子機(jī)器的驅(qū)動(dòng)能量都被認(rèn)為是來源于NTP水解的化學(xué)能,如肌球蛋白,驅(qū)動(dòng)蛋白,分子馬達(dá),ATP合成酶和核酸加工酶等。最初的DNA錯(cuò)配修復(fù)模型也正是基于該概念,提出由MutS和MutL通過ATP水解提供的能量來驅(qū)動(dòng)錯(cuò)配修復(fù)。近年來的研究對(duì)DNA錯(cuò)配修復(fù)的能量驅(qū)動(dòng)模型提出了挑戰(zhàn),特別是課題組近期的工作(Nature,2016)證明了MutS和MutL結(jié)合ATP分子是用于改變蛋白質(zhì)構(gòu)象,錯(cuò)配修復(fù)過程是通過MutS和MutL的“布朗運(yùn)動(dòng)”協(xié)同完成。例如,通過結(jié)合ATP形成的MutL clamp構(gòu)象具有極高的穩(wěn)定性,確保了下游錯(cuò)配修復(fù)事件的高特異性。該分子運(yùn)動(dòng)規(guī)律預(yù)測(cè)和解釋了大量DNA錯(cuò)配修復(fù)的分子機(jī)理。此外,這些規(guī)律可以被推廣到其它生命科學(xué)研究中,回答許多重要的科學(xué)問題。

      技術(shù)手段:現(xiàn)階段對(duì)于許多生命過程的理解仍停留在傳統(tǒng)的生化或細(xì)胞水平,一些重要的生物大分子的構(gòu)象、復(fù)合體裝配規(guī)律、信號(hào)傳遞過程尚不明確。傳統(tǒng)實(shí)驗(yàn)中觀測(cè)到的是生物大分子的綜合平均效應(yīng),這種平均效應(yīng)掩蓋了許多具有生理意義的事件。單分子水平的實(shí)驗(yàn)具有較高的時(shí)間分辨率,能夠排除系統(tǒng)的平均效應(yīng),分析復(fù)雜環(huán)境中同種分子的不同行為,獲取大量傳統(tǒng)實(shí)驗(yàn)中無法得到的信息,解決領(lǐng)域內(nèi)一些備受爭(zhēng)議的問題。此外,許多生物大分子在細(xì)胞中的豐度較低,極大地限制了它們?cè)谏項(xiàng)l件下的觀測(cè)和檢測(cè),而單分子水平的實(shí)驗(yàn)可以克服此種限制,在極低濃度下觀察生物大分子的行為。

    承擔(dān)科研項(xiàng)目情況:
    代表論著:
    1. Yang, X.W., Han, X.P., Han, C., London, J., Fishel R. and Liu, J. MutS functions as a clamp loader by positioning MutL on the DNA during mismatch repair,?Nat Commun?13, 5808 (2022).
    2. Wu, M.*, Xu, G.*, Han, C.*, Luan, PF., Xing,YH. , Nan, F., Yang, LZ., Huang,YK., Yang,ZH., Shan, L., Yang, L., Liu, J.+ and Chen, L.+ lncRNA SLERT controls phase separation of FC/DFCs to facilitate Pol I transcription, Science 373(6554):547-555?(2021).? (*Equal contribution)
    3. Yang, X.W. and Liu, J. Observing Protein One-Dimensional Sliding: Methodology and Biological Signifificance, Biomolecules 11(11):1618 (2021).
    4. Liu, J.*, Lee, R.*, Britton, M. B.* et al. MutL Sliding Clamps Coordinate Exonuclease-Independent Escherichia coli Mismatch Repair. Nat Commun 10, 5294 (2019).? (*Equal contribution)
    5. Hanne, J., Britton, M. B., Park, J., Liu, J. et al. MutS homolog sliding clamps shield the DNA from binding proteins. J Biol Chem 293, 14285-14294 (2018).
    6. Liu, J. et al. Stochastic Processes and Component Plasticity Governing DNA Mismatch Repair. J Mol Biol 22, 4456-4468 (2018).
    7. Liu, J.*, Hanne, J.* et al. Cascading MutS and MutL Sliding Clamps Control DNA Diffusion to Activate Mismatch Repair. Nature 539 (7630), 583-587 (2016). (*Equal contribution)
    8. Senavirathne, G.*; Liu, J.*, Lopez, M. A. et al. Widespread Nuclease Contamination in Commonly Used Oxygen-Scavenging Systems. Nat Methods 12, 901-2 (2015). (*Equal contribution)
    9. Liu, J. et al. An Efficient Site-Specific Method for Irreversible Covalent Labeling of Proteins with a Fluorophore. Sci Rep 5, 16883 (2015).
    10. Liu, J.*, Xiao, S.*, Hao, Y.H. & Tan, Z. Strand-Biased Formation of G-Quadruplexes in DNA Duplexes Transcribed with T7 RNA Polymerase. Angew Chem Int Ed Engl 54, 8992-6 (2015). (*Equal contribution)
    11. Zheng, K. W., Wu, R. Y., He, Y. D., Xiao, S., Zhang, J. Y., Liu, J., Hao, Y. H., Tan, Z. A competitive formation of DNA:RNA hybrid G-quadruplex is responsible to the mitochondrial transcription termination at the DNA replication priming site. Nucleic Acids Res 42, 10832-44 (2014).
    12. Zheng, K.W., Xiao, S., Liu, J., Zhang, J. Y., Hao, Y. H., Tan, Z. Co-transcriptional formation of DNA:RNA hybrid G-quadruplex and potential function as constitutional cis element for transcription control. Nucleic Acids Res 41, 5533-41 (2013).
    13. Xue, Y.*, Liu, J.*, Zheng, K. W., Kan, Z. Y., Hao, Y. H., Tan, Z. Kinetic and Thermodynamic Control of G-quadruplex Folding. Angew Chem Int Ed Engl 50, 8046-50 (2011). (*Equal contribution)
    14. Wang, Q., Liu, J., Chen, Z., Zheng, K. W., Chen, C. Y., Hao, Y. H., Tan, Z. G-quadruplex formation at the 3' end of telomere DNA inhibits its extension by telomerase, polymerase and unwinding by helicase. Nucleic Acids Res 39 (14), 6229-37 (2011).
    15. Chen, C. Y., Wang, Q., Liu, J., Hao, Y. H., Tan, Z. Contribution of telomere G-quadruplex stabilization to the inhibition of telomerase-mediated telomere extension by chemical ligands. J Am Chem Soc 133 (38), 15036-44 (2011).
    16. Liu, J., Chen, C. Y., Xue, Y., Hao, Y. H., Tan, Z. G-quadruplex Hinders Translocation of BLM Helicase on DNA: a real-time fluorescence spectroscopic unwinding study and comparison with duplex substrates. J Am Chem Soc 132, 10521-7 (2010).
    獲獎(jiǎng)及榮譽(yù):
    研究組成員:
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